Powstaliśmy w 1991 roku z inicjatywy rządu Tadeusza Mazowieckiego, według eksperymentalnej i autorskiej formuły opracowanej przez prof. Jacka Purchlę. Poddajemy pojęcie dziedzictwa kulturowego krytycznej i wielostronnej refleksji, prowadząc szeroko zakrojoną działalność edukacyjno-wystawienniczą, wydawniczą i badawczą.
Geografią naszych działań jest Europa Środkowa z jej skomplikowaną historią, zwłaszcza XX-wieczną. Pokazujemy różne perspektywy i budujemy mosty empatii pomiędzy społeczeństwami i krajami naszego regionu, kontynentu, zabiegając o wzmocnienie jego głosu na forum europejskim. Nasza działalność wyrasta z przekonania o potrzebie głębszego poznawania się nawzajem, przezwyciężania stereotypów i uprzedzeń.
Zajmujemy się przede wszystkim historią, historią sztuki i architektury, fenomenem pamięci, ochrony i zarządzania dziedzictwem kulturowym. Łączymy projekty popularyzatorskie i naukowe, które przybliżają fascynujący świat kultury Europy Środkowej z wykorzystaniem narzędzi współczesnej heritologii. Proces ten współtworzy zgromadzone w i wokół MCK wybitne grono specjalistów i specjalistek podzielających podstawowe dla nas wartości: otwartość, ciekawość świata i naukową rzetelność.
Przez ponad 35 lat istnienia zrealizowaliśmy w MCK ponad 200 wystaw, 200 projektów badawczych, wydaliśmy blisko 500 publikacji i wprowadziliśmy w obieg przeszło 7000 pozycji bibliograficznych. Byliśmy organizatorami blisko 200 międzynarodowych konferencji i seminariów oraz zrealizowaliśmy ponad 100 specjalistycznych programów edukacyjnych i stypendialnych.
Uczestniczyliśmy w transformacji systemowej w Polsce i obserwowaliśmy jej wpływ na sektor kultury. Dzięki wkładowi MCK w międzynarodową debatę na temat roli dziedzictwa oraz za sprawą rozwijanych kontaktów, realizujemy misję dyplomacji publicznej na rzecz ugruntowania pozycji Polski jako ważnego podmiotu wspólnoty międzynarodowej (UNESCO, Grupa Wyszehradzka, proces barceloński, proces berliński) oraz istotnego partnera we współpracy kulturalnej i intelektualnej.
Jesteśmy narodową instytucją kultury, której założycielem i wieloletnim dyrektorem był prof. dr hab. Jacek Purchla. Od 2018 r. dyrektorką MCK jest Agata Wąsowska-Pawlik. Nasze działania i projekty opiniuje Rada Programowa łącząca przedstawicielki i przedstawicieli środowisk intelektualnych oraz grono uznanych ekspertek i ekspertów z Polski i Europy Środkowej.
Naszą siedzibą jest zabytkowa kamienica „Pod Kruki” przy krakowskim Rynku Głównym. Po wieloetapowej przebudowie i modernizacji przeprowadzonej w latach 1998-2009 stworzyliśmy w niej laboratorium nowoczesnego myślenia o dziedzictwie i przestrzeń dla publiczności. Zabytkowe i przystosowane do potrzeb różnorodnych grup odbiorców wnętrza mieszczą salę konferencyjną na ok. 200 osób, mniejsze sale seminaryjne, dwie galerie z przestrzenią wystawienniczą dostosowaną do wymogów muzealnych, nowocześnie wyposażoną bibliotekę z czytelnią oraz biura i miejsca pracy dla naszego zespołu.