Sama kamienica na przestrzeni wieków była pałacem arystokratycznym, krakowskim salonem towarzyskim, biurem starosty, bankiem oraz siedzibą NSDAP na Generalne Gubernatorstwo, a następnie Komitetu Polskiej Partii Robotniczej, wydawnictwa, szkoły tańca i księgarni. Od 1991 roku stanowi wizytówkę MCK.
Historia kamienicy „Pod Kruki” sięga czasów lokacji Krakowa na prawie magdeburskim z 1257 r., chociaż jej dzisiejszy kształt pochodzi z wieku XIX, kiedy to połączono w całość dwa składające się na niego średniowieczne budynki. Ślady najwcześniejszej fazy jej istnienia widoczne są w gotyckich piwnicach, a zachowany drewniany strop dawnej izby na zadzi (na tyłach) oraz kolumna toskańska odkryta w trakcie prac konserwatorskich na I piętrze dawnej kamienicy Kłosowiczowskiej stanowią nieliczne już dziś świadectwa prosperity epoki renesansu.
U schyłku XVI stulecia ówczesny właściciel kamienicy – wojewoda sandomierski Stanisław Szafraniec – uczynił ją swoją miejską rezydencją. Anna z Tyszkiewiczów Potocka-Wąsowiczowa (wnuczka królewskiego brata Kazimierza Poniatowskiego) w 1842 roku wykupiła natomiast od dotychczasowych właścicieli zarówno kamienicę „Pod Kruki”, jak i sąsiedni dom Kłosowiczowski, scaliła obie budowle i nadała im charakter reprezentacyjnego pałacu miejskiego, ozdobionego efektownym kamiennym balkonem. W 1844 roku przekazała tę rezydencję swemu młodszemu synowi, Maurycemu Potockiemu. Hrabia Maurycy – oficer ułanów w powstaniu listopadowym i członek Komitetu Narodowego – nie cieszył się jednak długo swoją nową siedzibą. Lipcowy pożar z roku 1850, który zniszczył jedną trzecią śródmieścia Krakowa, nie oszczędził bowiem również domów położonych w południowo-zachodnim narożniku Rynku.
Przebudową po pożarze kierował znany budowniczy Stanisław Gołębiowski, jeden z pierwszych promotorów neorenesansu w architekturze krakowskiej połowy XIX wieku. Niezwłocznie po odbudowie, w roku 1853, kamienica „Pod Kruki” została wynajęta na siedzibę urzędu cyrkularnego. W ten sposób arystokratyczna rezydencja stała się – po wcieleniu miasta do monarchii Habsburgów – siedzibą austriackiego starosty i podległej mu administracji rządowej w Krakowie.
W czerwcu 1869 roku na terenie budynku powstał Galicyjski Bank Handlu i Przemysłu, jako pierwsza tego typu polska instytucja w Krakowie. Pracami budowlanymi kierował w tym czasie m.in. późniejszy autor przebudowy Sukiennic, Tomasz Pryliński, i to on zapewne nadał fasadzie kamienicy „Pod Kruki” jej charakterystyczny kształt. Neorenesansowa budowla otrzymała wtedy w parterze salę operacyjną wspartą na żeliwnych kolumnach wykonanych w pierwszej krakowskiej fabryce maszyn, należącej do Ludwika Zieleniewskiego. Lokal został także wyposażony w specjalnie skonstruowany skarbiec. Szczególną manifestacją modernizacyjnych ambicji banku i jego skądinąd konserwatywnych właścicieli stała się zaś iluminacja „Pod Kruki” światłem elektrycznym. Ta pierwsza pod Wawelem publiczna próba z oświetleniem elektrycznym odbyła się we wrześniu 1880 roku w związku wizytą Franciszka Józefa I w Galicji.
Od roku 1919 kamienica była z kolei własnością Banku Małopolskiego, który jako spółka akcyjna kontynuował działalność galicyjskiego poprzednika. Okres powojennej sztucznej koniunktury i narastającej inflacji instytucja ta wykorzystała dla znacznego powiększenia swojej siedziby. W roku 1921 nadbudowano III piętro, zaś rok później powstała trzypiętrowa oficyna o konstrukcji żelazobetonowej. Prace te wykonano pod kierunkiem znanego krakowskiego architekta Teodora Hoffmanna.
W czasie II Wojny Światowej kamienica „Pod Kruki” przy Rynku Głównym – przemianowanym na Adolf-Hitler-Platz – została centralną siedzibą NSDAP na całe Generalne Gubernatorstwo. W ramach przystosowania budynku do nowej funkcji m.in. zabudowano podwórko (tworząc salę konferencyjną) oraz nadbudowano IV piętro oficyny.
Renesans kamienicy rozpoczął się w latach 90., gdy jako siedziba MCK poddana została ona dwuetapowej przebudowie według projektu krakowskiego architekta, Romualda Loeglera. W latach 1998–2005 przebudowano i zmodernizowano budynek frontowy, w tym znajdującą się na pierwszym piętrze Galerię, która została wyposażona w nowoczesną infrastrukturę techniczną, oraz stworzono kompleks konferencyjny „Pod Kruki”. W latach 2006–2008 na potrzeby MCK zaadaptowano budynek oficyny, który otrzymał przykrytą szklanym dachem Salę Panoramiczną z malowniczym tarasem widokowym, a na dachu sali konferencyjnej zbudowano przeszklone Patio, które pozwoliło na powiększenie zespołu konferencyjnego i uzyskanie dodatkowej przestrzeni wystawienniczej. W ten sposób nastąpiła pełna integracja siedziby instytucji z jej programem.