Przestrzenią naszych działań jest Europa Środkowa z jej skomplikowaną historią, zwłaszcza XX-wieczną. Pokazujemy różne perspektywy i budujemy mosty empatii pomiędzy społeczeństwami i krajami naszego regionu kontynentu, zabiegając o wzmocnienie jego głosu na forum europejskim. Nasza działalność wyrasta z przekonania o potrzebie głębszego poznawania się nawzajem, przezwyciężania stereotypów i uprzedzeń.
Zajmujemy się przede wszystkim historią, historią sztuki i architektury oraz fenomenem pamięci, ochrony i zarządzania dziedzictwem kulturowym. Projekty popularyzatorskie i naukowe, które przybliżają fascynujący świat kultury Europy Środkowej, łączymy z wykorzystaniem narzędzi współczesnej heritologii. Proces ten współtworzy zgromadzone w i wokół MCK wybitne grono specjalistów i specjalistek podzielających podstawowe dla nas wartości: otwartość, ciekawość świata i naukową rzetelność.
Przez ponad 30 lat istnienia zrealizowaliśmy w MCK przeszło 100 wystaw i 200 projektów badawczych, a także wprowadziliśmy w obieg ponad 5000 pozycji bibliograficznych. Uczestniczyliśmy w transformacji systemowej w Polsce i obserwowaliśmy jej wpływ na sektor kultury. Dzięki wkładowi MCK w międzynarodową debatę na temat roli dziedzictwa oraz za sprawą rozwijanych kontaktów realizujemy misję dyplomacji publicznej na rzecz ugruntowania pozycji Polski jako ważnego podmiotu wspólnoty międzynarodowej (UNESCO, Grupa Wyszehradzka, Proces Barceloński, Proces Berliński) oraz istotnego partnera we współpracy kulturalnej i intelektualnej.
Jesteśmy narodową instytucją kultury, której założycielem i wieloletnim dyrektorem był prof. dr hab. Jacek Purchla. Od 2018 r. dyrektorką MCK jest Agata Wąsowska-Pawlik. Nasze działania i projekty opiniuje Rada Programowa łącząca intelektualistów i wysokiej klasy specjalistów z Polski i Europy Środkowej.
Naszą siedzibą jest zabytkowa kamienica „Pod Kruki” przy krakowskim Rynku Głównym. Po wieloetapowej przebudowie i modernizacji przeprowadzonej w latach 1998–2009 stworzyliśmy w niej laboratorium nowoczesnego myślenia o dziedzictwie i przestrzeń dla publiczności. Zabytkowe i dopasowane do potrzeb różnorodnych grup odbiorców wnętrza mieszczą salę konferencyjną na około 200 osób, mniejsze sale seminaryjne, dwie galerie z przestrzenią wystawienniczą przystosowaną do wymogów muzealnych, nowocześnie wyposażoną bibliotekę z czytelnią oraz biura i miejsca pracy dla naszego zespołu.